El Xeneize igualó la marca del Rojo en agosto de 2006 y lo superó por primera vez el 24 de febrero del año siguiente, en el Cilindro de Avellaneda.
Boca derrotó 3-1 a Independiente el 24 de febrero de 2007, por la tercera fecha del Torneo Clausura, y quedó por encima de su rival en el historial oficial por primera vez. Emiliano Armenteros puso en ventaja al conjunto de Avellaneda, pero Neri Cardozo y Rodrigo Palacio revirtieron el resultado antes del entretiempo. Martín Palermo marcó el tercer tanto con un remate desde detrás de la mitad de la cancha.
Con ese triunfo, el equipo de la Ribera llegó a 71 partidos ganados contra 70 del Rojo, después de casi 96 años de enfrentamientos oficiales. El primer cruce se había disputado el 28 de mayo de 1911 y terminó con victoria de Independiente por 3-1.
La mayor diferencia favorable al conjunto de Avellaneda se produjo el 6 de noviembre de 1960. Ese día, Independiente venció 2-0 en la cancha de Racing y amplió su ventaja a 17 partidos. Boca fue reduciendo la distancia durante las décadas siguientes y alcanzó la igualdad el 19 de agosto de 2006, tras imponerse 1-0: ambos clubes quedaron entonces con 70 triunfos.
Cuatro años antes del partido que definió el liderazgo, Boca también había vencido 3-1 a Independiente. El encuentro se jugó el 29 de junio de 2003 en La Bombonera, por la fecha 18 del Torneo Clausura, apenas cuatro días después de que el equipo dirigido por Carlos Bianchi derrotara 2-0 a Santos en la primera final de la Copa Libertadores. Con la revancha prevista para el 2 de julio en Brasil, Bianchi reservó a sus principales figuras.
Wilfredo Caballero, Miguel Caneo, José María Calvo, Jonathan Fabbro y Héctor Bracamonte fueron titulares en aquella formación alternativa. Caneo convirtió a los 38 minutos, Calvo amplió la ventaja al comienzo del segundo tiempo y Bracamonte marcó el tercero a los 30 minutos; Emanuel Rivas descontó sobre el cierre. Independiente, conducido por Oscar Ruggeri, tuvo entre sus titulares a Gabriel Milito, Federico Insúa y Daniel Montenegro, y jugó buena parte del partido con diez hombres por la expulsión de Federico Domínguez. Ese resultado recortó la diferencia, pero el Rojo todavía conservó cuatro triunfos de ventaja.
Independiente volvió a igualar el historial en diciembre de 2009, aunque Boca recuperó el liderazgo el 2 de mayo de 2010 con una victoria por 3-2. El registro oficial actualizado hasta octubre de 2026 suma 229 partidos: 80 triunfos de Boca, 76 de Independiente y 73 empates. El último duelo fue el 11 de abril de 2026, por el Torneo Apertura, y terminó 1-1, con goles de Matías Abaldo para el visitante y Milton Giménez, de penal, para el local.