La Alianza derrotó a la fórmula de Eduardo Duhalde y Ramón Ortega con un discurso de continuidad económica y cuestionamiento ético al menemismo.
El 24 de octubre de 1999, Fernando De la Rúa fue elegido presidente de la Argentina al imponerse en primera vuelta sobre Eduardo Duhalde. La fórmula de la Alianza, integrada también por Carlos “Chacho” Álvarez, obtuvo el 48% de los votos, frente al 38% de la fórmula del Partido Justicialista, en una elección cuya participación superó el 80%.
La coalición reunía a la Unión Cívica Radical y al FrePaSo, y había fortalecido sus expectativas con el triunfo legislativo de 1997, cuando Graciela Fernández Meijide encabezó la victoria aliancista. De la Rúa, un radical balbinista de perfil conservador, había superado a Fernández Meijide en la interna, mientras que Álvarez provenía del peronismo de izquierda de los años 70.
El mensaje electoral combinó el rechazo a las conductas asociadas con la dirigencia menemista y la promesa de sostener la convertibilidad. Mientras Duhalde cuestionaba la recesión y el desempleo y proponía un modelo productivo, De la Rúa defendía el plan económico vigente y planteaba diferencias con el menemismo principalmente en el plano ético y en las formas de gestión. Domingo Felipe Cavallo quedó tercero, con el 10% de los sufragios, y no hubo balotaje.
La victoria se produjo en un escenario de desgaste para una gestión de 10 años y seis meses, atravesada por denuncias de corrupción, y con un modelo económico que llevaba más de dos años dando señales de agotamiento. También dejó una convivencia compleja dentro de la nueva coalición: la UCR y el FrePaSo contaban con peso suficiente para disputar decisiones, imponer posiciones y vetar iniciativas.
El primer gabinete de De la Rúa estuvo integrado mayoritariamente por economistas de perfil neoliberal. Luego llegaron las coimas en el Senado, la renuncia de Álvarez, la ruptura con el principal socio de la alianza, la represión en Corrientes, la crisis intraradical, la llegada de López Murphy y el recorte a las universidades. Las elecciones legislativas de 2001, el voto bronca y el triunfo del PJ anticiparon la crisis que estallaría a fin de ese año y marcaron el cierre de los años 90.